Die heutige Biosphärenreservatsverwaltung wurde 1998 für die Betreuung des Schutzgebietssystems Elbetal eingerichtet. Seit dem 1.Januar 2005 ist die Biosphärenreservatsverwaltung eine eigenständige Landesbehörde.
Sitz der Biosphärenreservatsverwaltung ist das Alte Rathaus in Hitzacker. Von dieser zentralen Stelle im Biosphärenreservat aus nehmen 18 Mitarbeiter in drei Fachbereichen ein sehr breit gefächertes Aufgabenspektrum wahr.
Ein Absolvent des Freiwilligen Ökologischen Jahrs und Bundesfreiwilligendienstleistende unterstützen die Arbeit der Verwaltung, hinzu kommen zeitweise Praktikanten und Bearbeiter von Projekten.
Der Verwaltung steht ein aus 20 Mitgliedern bestehender Biosphärenreservatsbeirat zur Seite. Er wirkt bei der Erhaltung und Entwicklung des Gebietes mit. Behörden, Körperschaften und Verbände sind in ihm vertreten.
Die Biosphärenreservatsverwaltung ist unter anderem Untere Naturschutzbehörde im Gebietsteil C des Biosphärenreservats und arbeitet in dieser Funktion eng mit den Landkreisen Lüneburg und Lüchow-Dannenberg zusammen.