In der Finanzverwaltung, mit dem Finanzministerium als oberste Landesbehörde, bildet die Steuerverwaltung einen eigenen Verwaltungszweig, der durch eine Mittelbehörde, das Landesamt für Steuern Niedersachsen, geleitet und organisiert wird.

Neben dem Landesamt für Steuern gehören zur Steuerverwaltung insgesamt 59 Finanzämter und eine Steuerakademie. Von den 59 Finanzämtern sind 49 Finanzämter sogenannte Veranlagungsfinanzämter. In einem Veranlagungsfinanzamt werden Steuererklärungen bearbeitet, Steuerbescheide erlassen, Betriebe geprüft und für die rechtzeitige Zahlung der Steuern gesorgt. Sonderaufgaben nehmen die sechs Finanzämter für Großbetriebsprüfung und die vier Finanzämter für Fahndung und Strafsachen wahr. Sie sind überregional jeweils für mehrere Veranlagungsfinanzämter zuständig. 

Mit der Steuerakademie Niedersachsen hat die Steuerverwaltung eine eigene Bildungseinrichtung. Die Steuerakademie bildet nicht nur die zukünftigen Steuerbeamtinnen und Steuerbeamten aus, sondern bietet auch vielfältige Seminare und Workshops für die Beschäftigten der Steuerverwaltung zur Weiterbildung an.

Das Landesamt für Steuern Niedersachsen mit seinen Standorten in Hannover und Oldenburg kümmert sich um das Personal, die Organisation und die technische Ausstattung der Steuerverwaltung sowie in der Fachabteilung Steuer in Oldenburg um die einheitliche Anwendung des Steuerrechts. Am Standort Hannover befinden sich die Abteilungen „Zentrale Aufgaben“ und „Informations- und Kommunikationstechnologie (IuK)“. Die Abteilung „Zentrale Aufgaben“ ist zuständig für das  Personal, die Organisation und den Haushalt der Steuerverwaltung und die Abteilung „IuK“ für die Entwicklung und den Einsatz moderner Steuersoftware, sowie die Ausstattung mit modernen IT Arbeitsplätzen.

Insgesamt arbeiten in der Steuerverwaltung rund 12.000 Beamtinnen und Beamte und Tarifbeschäftigte an verschiedensten Orten in ganz Niedersachsen.